Úsek ESF vznikl v roce 2004 v souvislosti se zahájením realizace programů ESF v ČR a navázal přitom na činnosti NVF vykonávané v rámci programů Phare a EQUAL, je rozdělen na tým "Trh práce", který realizuje od ledna 2007 v pozici administrátora čtyři grantová schémata v OP RLZ s působností pro celou ČR kromě Prahy, a tým "Adaptabilita", který administruje již od roku 2004 tři grantová schémata v programu ESF pro hl. m. Prahu (JPD 3). V rámci těchto grantových schémat úsek odpovídá za řádnou správu celkem 235 projektů za téměř 1.5 mld. Kč. Kromě toho úsek ESF se podílí na zajištění technické pomoci při implementaci jednotného administrativního rámce projektů v rámci grantových schémat OP RLZ a JPD3. Na tvorbě těchto programových dokumentů se úsek ESF také spolupodílel.